Framkvæmdastjórn er forstjóra til ráðgjafar, og skal forstjóri bera mikilvægar ákvarðanir um þjónustu og rekstur stofnunarinnar undir stjórnina. Á Heilbrigðisstofnun Vestfjarða er framkvæmdastjórn þriggja manna. Í henni eiga sæti forstjóri, sem fer fyrir framkvæmdastjórn auk framkvæmdastjóra lækninga og framkvæmdastjóra hjúkrunar. Framkvæmdastjórn starfar samkvæmt 12. grein heilbrigðislaga. 

Framkvæmdastjórn fundar annan hvern þriðjudag að jafnaði og eru fundir lokaðir. 

Framkvæmdastjórn frá 1. október 2018:

• Gylfi Ólafsson forstjóri
• Andri Konráðsson framkvæmdastjóri lækninga
• Hörður Högnason framkvæmdastjóri hjúkrunar