Framkvæmdastjórn er forstjóra til ráðgjafar, og skal forstjóri bera mikilvægar ákvarðanir um þjónustu og rekstur stofnunarinnar undir stjórnina. Á Heilbrigðisstofnun Vestfjarða er framkvæmdastjórn sex manna. Framkvæmdastjórn starfar samkvæmt 12. grein heilbrigðislaga. 

Framkvæmdastjórn fundar annan hvern þriðjudag að jafnaði og eru fundir lokaðir. 

Framkvæmdastjórn frá 1. janúar 2020:

• Gylfi Ólafsson forstjóri
• Andri Konráðsson framkvæmdastjóri lækninga
• Hildur Elísabet Pétursdóttir framkvæmdastjóri hjúkrunar
• Hanna Þóra Hauksdóttir mannauðs- og rekstrarstjóri
• Svava Magnea Matthíasdóttir hjúkrunarstjóri Patreksfirði
• Hrannar Örn Hrannarsson fjármálastjóri